第一，付费机制的冲突。根据2017年11月16日财政部发布的《关于规范政府和社会资本合作(PPP)综合信息平台项目库管理的通知》的规定，其要求建立按效付费的机制。按效付费机制包括通过政府付费或可行性缺口补助方式获得回报，但未建立与项目产出绩效相挂钩的付费机制的;政府付费或可行性缺口补助在项目合作期内未连续、平滑支付，导致某一时期内财政支出压力激增的;项目建设成本不参与绩效考核，或实际与绩效考核结果挂钩部分占比不足30%，固化政府支出责任的。所谓按效付费即绩效付费(Performance Payment)，是指政府依据社会资本方所提供的公共产品或服务的质量付费。绩效付费符合物有所值原则的要求，也是对PPP项目后期可能发生的不可预测风险进行合理分担的表现。而EPC模式往往采取固定总价的方式付费，依据《房屋建筑和市政基础设施项目工程总承包管理办法》第16条的规定，企业投资项目的工程总承包宜采用总价合同，政府投资项目的工程总承包应当合理确定合同价格形式。采用总价合同的，除合同约定可以调整的情形外，合同总价一般不予调整。由此可以看出，适用EPC模式的项目往往适用固定总价的付费方式，除合同约定可以调整的情形外，合同总价一般不予调整。因此，在PPP+EPC运作模式中，其往往属于政府投资类项目，依据《房屋建筑和市政基础设施项目工程总承包管理办法》的规定，其应当采取固定总价的计费方式，但这无疑使政府承担较大的付费风险，可能会导致国有资产的流失。
第二，招标投标的矛盾。PPP+EPC运作模式的产生契机与合法基础来源于《招标投标法实施条例》“两标并一标”的规定，即已通过招标方式选定的特许经营项目投资人依法能够自行建设、生产或者提供的，可以不进行招标。但是依据本章第三节所述，特许经营项目并不等同于PPP项目，二者在适用范围、付费机制、实施期限与法律关系四个方面存在区别，因此，并非所有的PPP项目都可以采用EPC模式免除二次招投标程序进行运作。但是2016年10月11日财政部发布的《关于在公共服务领域深入推进政府和社会资本合作工作的通知》第9条的规定，其要求简政放权释放市场主体潜力。各级财政部门要联合有关部门，加强项目前期立项程序与PPP模式操作流程的优化与衔接，进一步减少行政审批环节。对于涉及工程建设、设备采购或服务外包的PPP项目，已经依据政府采购法选定社会资本合作方的，合作方依法能够自行建设、生产或者提供服务的，按照《招标投标法实施条例》第九条规定，合作方可以不再进行招标。从本条的规定可以看出，该文件将“两标并一标”的范围从特许经营项目扩展到所有的PPP项目。但是《关于在公共服务领域深入推进政府和社会资本合作工作的通知》仅为政策性文件，其法律位阶的地位远远低于《招标投标法实施条例》，如若在实践中，PPP项目的社会资本方直接采用EPC模式进行工程总承包建设而未进行二次招投标的，其存在违法性的法律风险。
第三，监理制度的矛盾。工程监理制度是指具有相关资质的监理单位受甲方的委托，依据国家批准的工程项目建设文件、有关工程建设的法律、法规和工程建设监理合同及其他工程建设合同，代表甲方对乙方的工程建设实施监控的一种专业化服务活动。工程监理制度规定在我国《建筑法》第四章中，其内容包括了国家推行建筑工程监理制度，监理单位受建设单位委托进行监理活动，监理单位应当依照法律、行政法规及有关的技术标准、设计文件和建筑规模承包合同，对承包单位在施工质量、建设工期和建设资金使用等方面，代表建设单位实施监督。从上述规定可以看出，监理单位是受建设单位委托监理施工单位的工作，但是在PPP+EPC运作模式中，建设单位既是PPP项目中的社会资本方，又是EPC工程的总承包商，出现“自己监督自己”的局面，监理单位的客观性、公正性、独立性受到极大的影响，很可能导致工程监理制度的弱化与缺失。
PPP+EPC运作模式的法律风险防控
PPP+EPC运作模式的法律风险产生的原因归根结底在于其缺乏独立、完备的制度设计与规范。从工程总承包模式与政府与社会资本合作模式的发展来看，二者皆是建筑领域未来走向的趋势所在，而PPP+EPC运作模式可以吸纳二者的优势，必然也会在今后的运用中越来越频繁，对此，国家需要重视PPP+EPC运作模式，加快对其的制度制定与出台，甄别PPP模式与EPC模式之间的矛盾所在，并做好二者之间的调和，最大限度地发挥PPP+EPC运作模式地优势。此外，从现行层面而言，在缺乏PPP+EPC运作模式制度设计时，应及时学习PPP模式与EPC模式相关地政策性规定，主动识别风险点所在。在面对招投标矛盾时，注意PPP项目与特许经营项目的去区分，一方面尽量避免发生二次招标的情形，另一方面也要保证项目的合规性。在面对付费冲突时，协调好政府与总承包商/社会资本方之间的利益需要，可以根据项目实际情况针对性设计相对灵活的付费机制。
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