PPP项目采购与传统政府采购的区别主要体现在以下几个方面:
一是采购内容的差异。
传统模式下的政府采购对象主要为地方集中采购目录以内的或者采购限额标准以上的货物、工程和服务，采购对象较为单一，采购条件和需求的制定也较为简单。而在PPP模式下，采购内容具有复合性的特征，涉及货物、服务、工程等各项内容，且项目合作期限长，相应的采购条件和需求较为复杂。
二是法律依据的差异。
传统模式下的政府采购具有明确的法律依据，即《政府采购法》及其实施条例，如政府采购工程的还应适用《招标投标法》及其实施条例。而由于PPP采购内容的特殊性导致其在遵循《政府采购法》和《招标投标法》及其实施条例的基础上，还要依据《政府和社会资本合作项目政府采购管理办法》(财库[2014]215号)等部门规范性文件要求。
三是采购方式和流程的差异。
传统政府采购包括公开招标、邀请招标、竞争性谈判、单一来源采购和询价五种采购方式，且对于达到公开招标数额标准的必须采用公开招标方式进行采购。而PPP采购虽然也应以公开招标方式为主，但是考虑到部分PPP项目的采购需求边界条件不清、经济参数不明确，因此增加了竞争性磋商的采购方式。同时，在采购流程上也增加了强制性的资格预审程序以及采购评审后的确认谈判程序。
四是采购工作关注重点的差异。
传统政府采购过程中，由于采购条件和评审标准都有相对规范的文件要求，同时具有可复制性，因此工作重点主要集中在采购程序的严谨和合规性上。而PPP采购中,采购流程、采购条件和评审标准的制定都需要根据项目特点和实际情况来统筹制定，同时还需要重点关注与PPP项目合同的衔接，以防范采购环节和实施阶段的脱节，减少后续合同执行过程中可能产生的风险。
PPP项目采购需要注意的问题包括:
一是针对PPP采购适用法律不明确、规范性文件与上位法衔接不畅(如PPP社会资本采购和土地使用权出让合并实施)以及各部门规范性文件互相矛盾(如“两标并一标”)等问题，需在国家层面拟定统一的PPP立法，用以指导和规范PPP采购流程，确保PPP采购顺利开展。
二是为充分体现PPP项目的公开、公平和公正性，对于采购方式(特别是单一来源采购)的选择、采购条件和标准的制定、确认谈判程序的开展，应在遵循法律法规的基础上进行规范化和标准化，不得通过设置歧视性条款或附加条件实现政府“暗箱操作”，也不得让确认谈判工作的开展流于形式。
三是为提高PPP项目采购的成功率，防止暴利产生，在采购工作开展前积极开展潜在社会资本的市场测试，并利用市场测试结果及时调整PPP采购方案，并以此确定项目收益的合理标准。
同时，在采购过程中设置优惠性加大对外资企业、民营企业参与PPP项目的支持力度，切实发挥PPP市场化机制。
四是为应对PPP采购的复杂性和专业性，各政府采购主体应做好PPP采购全过程的风险管理，积极引入专家和专业咨询机构进行把关，有效防范采购环节和后续合同执行可能遇到的法律风险。
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