根据财办金〔2017〕92号文第二条、第三条规定，“未建立按效付费机制”是针对新申请纳入项目管理库的项目提出的要求，而非是调整已入库的PPP项目。但是，实操层面，在92号文出台后，部分地方政府为更加规范项目操作，也将“未建立按效付费机制”同时作为“集中清理已入库项目”的标准并提出整改完善要求。
另外，财政部后续于2019年又发布了财金〔2019〕10号文件，要求规范的PPP项目应当建立完全与项目产出绩效相挂钩的付费机制，规定不得出现政府支出事项与项目产出绩效脱钩的不规范行为，如存在该等情形的，应在限期内进行整改。无法整改或逾期整改不到位的，已入库项目应当予以清退，涉及增加地方政府隐性债务的，依法依规提请有关部门予以问责和妥善处置。因此，在10号文发布之后，未建立按效付费机制的已入库项目应当按照规定进行整改。
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